朱熹、苏轼、苏辙、邵雍、司马迁这些大儒的命运给了李贽巨大的鼓励。“晦庵婺源人，而终身延平；苏子瞻兄弟俱眉州人，而一葬郏县，一葬颍州。不特是也，邵康节范阳人也，司马君实陕西夏县人也，而皆终身流寓洛阳，与白乐天本太原人而洛阳居洛一矣。”“盖世未有不是大贤高品而能流寓者”，这个世界上就没有品行不清净高洁而流落他乡的贤者。此时，李贽回望自己的一生，悲喜交集——那些磨难曲折，那些崎岖坎坷，纵使以大地为墨，又怎能书写得明白？他叹息说：“我愿尔等勿哀，又愿尔等心哀，心哀是真哀也。真哀自难止，人安能止？”
《藏书》的写作、修订是个巨大的工程，李贽好像放下了背在身上的巨石，松了一大口气。他在给焦竑的信中写道：
山中寂寞无侣，时时取史册批阅。……自古至今，多少冤屈，谁与辩雪！故读史时真如与百千万人作对敌，一经对垒，自然献俘授首，殊有绝致，未易告语。今不敢谓此书诸传皆为妥当，但以其是非堪为当前人出气而已。
《藏书》不藏。《藏书》未经刊印，便在师友间广为传抄阅读，万历二十八年（1600年）在南京公开刊印，更如巨石投水，波浪滔天，一时“金陵盛行”，洛阳纸贵，“海内又以快意而歌呼读之”（陈仁锡《无梦园集》）。尽管李贽自言：“藏书者何？言此书但可自怡，不可示人，故名曰藏书也。”可是，天真的李贽不知道，这又怎么可能？