李定国把永历帝从孙可望控制下的安龙迎接到云南昆明，从维护抗清事业的大局而言，自然应当肯定。然而，不能不看到李定国的原意是会合郑成功收复广东全省后再考虑移跸事宜（永历朝廷建立于广东肇庆，长期驻于广西，定国的意图很可能是会合郑成功、张名振以至鲁监国联名表请奉迎永历帝还驻两广的适当地方，如果出现这种情况，孙可望比较难于阻挡，参见处理“十八先生案”时孙可望的奏疏）。定国兵败新会，原来的计划破灭，只有凭借本部兵力冒险突入安龙，把永历君臣护送入滇。这一重大措施虽侥幸成功，但是李定国部主力经贵州转入云南，他长期经营的广西必然落入清方之手。顺治十三年二月清两广总督李率泰奏报，清方利用定国主力转移，广西明军势单力薄的机会，由平南王尚可喜、靖南王耿继茂统领广东兵马会合湖南（经略洪承畴部）、广西（原定藩缐国安部）官兵迅速向广西推进。这年（顺治十三年，1656）正月初二日抵平南县，守浔州府的明仁安将军李承爵、管领水师阳春伯李先芳自知兵力不敌，初七日主动撤退，初十日清军占领浔州府。十五日，广东清军进至贵县，与广西提督缐国安、经略洪承畴下总兵南一魁、张国柱部会合继续西进，十八日抵横州，明将高文贵、李承爵、施尚义、李先芳不战而退。二月初四日，清军占领南宁府；初九日广西左翼总兵马雄部追至濑湍，明阳春伯李先芳被俘。广西大部分州县都被清军占领[49]。后来，在平定了孙可望的叛变后，李定国虽曾命保康侯贺九义率军收复南宁，贺九义在1658年（顺治十五年）二月初七日派部将阎维龙、曹延生等度东收横州，终因兵力不足，再度放弃该州。不久，因大局逆转，贺九义奉命领兵回滇[50]，南明被迫放弃广西大部州县。因为孙可望有不臣之心，李定国陷入顾此失彼的境地。就后果而言，首先是永历朝廷同广东义师的联络被切断，闽浙沿海抗清武装经海路入粤的通道也极难利用，形成东西呼应不灵、各自为战的被动格局。其次，广西大部分州县的易手，为清方后来三路进攻贵州、云南制造了更有利的态势。由此可见，孙可望的专横跋扈，使南明付出了极大的代价。